Ежегодно в Музее проходят масштабные выставочные проекты, в том числе ретроспективы ведущих российских и зарубежных современных художников, групповые тематические выставки и показы новых работ, созданных для Атриума Музея и площади Искусств. Команда Музея заинтересована в распространении знаний о современном искусстве и разработке новых форматов взаимодействия со своей аудиторией, поэтому каждая выставка в «Гараже» сопровождается масштабной бесплатной публичной программой, которая состоит из лекций, мастер-классов, дискуссий, кинопоказов, встреч с художниками и теоретиками искусства и мероприятий для всей семьи.

За время существования издательской программы «Гаража» тираж опубликованных книг превысил 800 000 экземпляров. Каждый год Музей «Гараж» издает книги на русском и английском языках по истории и теории искусства и культуры, философии, а также книги для детей. В 2017 году Музей «Гараж» запустил две новые издательские серии — GARAGE DANCE, посвященную истории современного танца, и «ГАРАЖ.txt», в рамках которой публикуются тексты о современной культуре победителей одноименного грантового конкурса, учрежденного Музеем. Ежегодно в Музее проходит Международная ярмарка книг об искусстве Garage Art Book Fair.

Отдел инклюзивных программ проводит бесплатные экскурсии и мероприятия для посетителей с разными формами инвалидности: для глухих и слабослышащих, незрячих и слабовидящих, посетителей с особенностями интеллектуального развития, а также для посетителей, передвигающихся на инвалидных колясках. Проекты отдела направлены как на улучшение инклюзивной среды за счет профессиональных программ подготовки сотрудников, так и на привлечение новой аудитории и поиск способов коммуникации с ней. С 2019 года «Гараж» также работает над гуманизацией общественного восприятия мигрантов и беженцев.

Архив Музея является платформой для научно-исследовательских, издательских и выставочных проектов «Гаража». Коллекция включает в себя более 500 000 единиц хранения, среди которых документальные материалы по истории современного искусства России с середины 1950-х годов до наших дней. Документальные материалы оцифровываются на онлайн-платформе RAAN, которая в 2019 году пополнится материалами из Центра исследований Восточной Европы Бременского университета.

Это экспериментальная творческая лаборатория для посетителей всех возрастов, позволяющая создать свое произведение совместно с художниками и разделить радость творчества с другими людьми. Каждый «Арт-эксперимент» посвящен новой теме, а концепция год от года меняется.

Первая публичная библиотека по современному искусству Музея «Гараж» насчитывает более 30 000 единиц хранения, включая монографии ведущих историков и критиков современного искусства, каталоги групповых выставок и музейных коллекций, книги об отдельных художниках, журналы по искусству и архитектуре, публикации по теории культуры и редкие издания. Библиотека также предоставляет доступ к международным электронным базам данных, а также разрабатывает свою собственную публичную программу.

Garage Live — программа перформансов, музыкальных, театральных и танцевальных событий, инициированная в 2012 году с целью актуализировать ценность непосредственного опыта и представить Музей как публичное пространство, основанное на этике сопереживания. События программы Garage Live предлагают зрителю опыт, в котором определяющим является чувственное, а не аналитическое восприятие. За время существования программы в Музее было представлено более 50 разноформатных произведений, многие из которых были созданы специально для «Гаража». Экспериментальная природа Garage Live проявляется и в особом формате поддержки российских перформеров и танц-художников — с помощью интеграции в гибридные образовательные форматы

С 2016 года Музей осуществляет программу Mosaic Musiс — серию музыкальных концертов с участием российских и зарубежных музыкантов и исполнителей, определяющих своим творчеством развитие музыкальной индустрии сегодня. В рамках программы в России выступили такие артисты, как Sevdaliza, Sampha, Ibeyi, Леон Бриджес, Шарлотта Генсбур и другие.

Кинопрограмма Музея современного искусства «Гараж», основанная в 2012 году, знакомит зрителей с фестивальными новинками, избранными работами классиков кино и авангардными экспериментами. Летом на площади Искусств перед Музеем «Гараж» открывается временный кинотеатр.

Образование является одним из приоритетных направлений деятельности Музея «Гараж». Просветительская программа включает в себя насыщенную публичную программу, образовательные курсы, лекции, научные конференции, мастер-классы и многое другое. В 2019 году Музей запустил набор на магистерскую программу «Практики кураторства в современном искусстве» в НИУ ВШЭ.

В 2012 году Музей «Гараж» учредил первую в России грантовую программу поддержки молодых художников, аналогов которой пока не существует в стране: лауреаты программы получают ежемесячную фиксированную стипендию в течение года. В 2019 году Музей открыл Мастерские и арт-резиденции на ВДНХ: 18 отдельных рабочих пространств, которыми безвозмездно могут пользоваться московские художники и художники из регионов России.